Né à Montemoro, dans le diocèse d'Evora, au Portugal, il connut quarante ans de vie très variée: berger, soldat, mendiant, intendant d'esclaves au Maroc, vendeur de livres religieux à Gibraltar, etc. Un sermon de saint Jean d'Avila l'orienta vers une vie plus parfaite. Par sa ferveur, cependant, il passa pour fou. En 1540, il se fixa à Grenade, où il fonda un hôpital qui allait être la base du nouvel Ordre des Frères Hospitaliers de Saint-Jean de Dieu. Canonisé en 1690, il fut déclaré patron des malades et des hôpitaux en 1886.
Diacre de l'église de Carthage, en Afrique, il accompagna saint Cyprien en exil et fut témoin de son procès et de son martyre, dont il nous a laissé le récit.
En compagnie d'un autre prêtre, Etienne se rendit dans la forêt d'Aubazine pour y mener une vie solitaire. Comme des disciples les rejoignirent, ils obtinrent de l'évêque de Limoges la permission de construire un monastère. La nouvelle abbaye n'ayant pas de règle écrite, saint Etienne l'affilia à l'Ordre de Cîteaux et il devint le premier abbé de sa fondation.
Moine d'Agali sous saint Eugène, auquel il succéda d'abord comme abbé du même monastère et ensuite comme archevêque de Tolède, en 680, il fut le premier primat de l'Ibérie entière. Il présida plusieurs conciles nationaux, révisa la liturgie mozarabe et fut un écrivain prolifique, en même temps qu'un des principaux hommes de l'Église espagnole de son temps.